Lembaga pendidikan Islam di Indonesia dewasa ini dihadapkan pada tantangan yang jauh lebih kompleks dibanding periode-periode sebelumnya. Di samping berusaha menciptakan Muslim yang memahami ilmu-ilmu agama dan umum, lembaga pendidikan Islam juga dihadapkan pada tuntutan untuk terlibat dalam pembentukan manusia Indonesia baru yang modern dan penuh integritas.