Hubungan antara MUI dengan Pemerintah pada masa orde baru menimbulkan efek yang dirasa kurang baik bagi MUI sendiri. Sebab, kedekatan itu kemudian menjadikan sisi lain dari tugas dan fungsi MUI menjadi tumpul, terutama dalam kegiatan memberi pertimbangan kebijakan politik dari sisi agama
Indonesia adalah Negara agamis yang menempatkan agama-agama pada posisi yang tinggi, sehingga dalam konstirusi dirumuskan menjadi "Negara berdasar atas Ketuhanan Yang Maha Esa".
Salah satu masalah yang sering mengusik kerukunan antarumat beragama adalah masalah terkait pendirian rumah ibadah dan pemanfaatan bangunan bukan rumah ibadah sebagai tempat ibadah sementara.
Bangsa Indonesia pada saat memasuki Millenium III Tahun 2001, dalam kondisi yang sangat sulit, tidak stabil, akibat krisis kepercayaan, ekonomi, politik dan krisis-krisis lainnya yang berkepanjangan yang belum tertanggulangi secara tuntas.