Hubungan antara MUI dengan Pemerintah pada masa orde baru menimbulkan efek yang dirasa kurang baik bagi MUI sendiri. Sebab, kedekatan itu kemudian menjadikan sisi lain dari tugas dan fungsi MUI menjadi tumpul, terutama dalam kegiatan memberi pertimbangan kebijakan politik dari sisi agama
Dalam Konteks teologi pemikiran, Wahdah Islamiyah perlu menterjemahkan konsep manhaj al Salaf al Salih yang dapat menghubungkan antara kondepsi pemikiran ulama masa lalu (salaf) dengan konsepsi pemikiran ulama masa kini (kontemporer).